故事發生在戰國時代，普通人家出身的男孩豬名寺亂太郎祖輩曾是忍者，在父親的勸說下，他離開家鄉攝津，進入當時一流的忍者學園學習。在學校，他認識了與之同齡的新兵衛和霧丸。新兵衛是一個出身富商家庭的小胖子，為人迷迷糊糊，對吃尤為感興趣；霧丸則是身世貧苦的孤兒，為人精明，貪財吝嗇。這三個性格迥異卻的小家伙成為好朋友，他們最大的共同點就是經常因為考試不及格受到處罰。當然，以校長大川平次渦正為首的老師們也都是性格古怪且鮮明的爆笑人物，亂太郎他們和周圍的同學、老師一起上演了連番搞笑、有趣的精彩好戲……本片根據漫畫家尼子騒兵衛原著《落第忍者亂太郎》改編，改編成動畫時，因NHK電視臺的禁忌而將“落第”二字去掉。