在相信魔法存在的東方，從小夢想成為魔女的琪琪（小芝風花 飾）終于迎來了13歲的月圓之夜。她帶著黑貓吉吉（壽美菜子 配音），告別了爸爸（筒井道隆 飾）媽媽（宮澤理惠 飾），帶著祝福踏上了為期一年的修業之旅。歷經艱辛，琪琪看中了佇立在大海中央的港口城市克里克，面帶笑容的她得到了經營面包房的索娜阿姨（尾野真千子 飾）的接納，于是決定在這里開展她的快遞送貨業務。在此期間，她與熱愛飛行器的少年蜻蜓（廣田亮平 飾）誤會，也通過送貨結交了許多朋友。誰知動物園小河馬患病的消息，卻讓她背負上詛咒的惡名。憂心忡忡的琪琪，突然喪失了飛翔的能力…… 本片根據角野榮子的同名原作改編，此前該作品曾被宮崎駿拍成動畫搬上銀幕。