時間來到最終決戰的兩年后，在本應已迎來和平的地球上，怪獸們再度傾巢而出。與此同時，世界各地相繼發生了各種入侵超古代遺跡的事件。而GUTS-SELECT（精英勝利隊）也迎來了新的隊長——時岡（中村優一飾），眾人開啟了調查。一場關乎宇宙前途命運的鏖戰就此拉開序幕。挺身而出的GUTS-SELECT、前來馳援的澤塔奧特曼還有身處戰斗中心的特利迦奧特曼的面前出現的是……渾身散發著不祥之氣的影之繼承者——邪惡特利迦的身姿。為了守護大家的笑容，特利迦奧特曼、GUTS-SELECT的隊員們以及夏川遙輝/澤塔奧特曼（平野宏周飾）、伊格尼斯/黑暗特利迦（細貝圭飾），將一同投身這場光與影的大決戰！